他们隐藏在城市的暗处，通过黑客手段与矩阵又或者叫做母体抗争。
在墨菲斯的指导下，尼奥开始了艰苦的训练，学习如何操控这个虚拟世界，以及如何与母体中的特工战斗。
墨菲斯说，传说当中在矩阵建立之初，曾经诞生过那么一个人，他可以随心所欲地进出矩阵，并且操控矩阵，改变矩阵。
正是这个人的存在，他才将人类的先民解放出来，也才有了墨菲斯他们。
这个人死亡之后，先知预言他会回来。
而这次，他会彻底摧毁矩阵，结束这场战争，然后拯救所有人类。
这个人就被称为救世主
所以墨菲斯穷尽一生就是未来找到他。
这一次他之所以要救回尼奥，是因为他相信，他已经找到了这个人。
尼奥没有说话，不过他已经明白了墨菲斯的意思，他说的是自己。
接下来墨菲斯和尼奥的训练过程和打斗真的是精彩极了，在极短的时间之内尼奥就已经学会了中国功夫。
这些打斗过程都是多亏了有香江第一武指袁和平，所以整个画面呈现出来的战斗感和打斗场面都让现场的观众们直呼好厉害。
墨菲斯在教尼奥如何解放自己的意识，只有解放意识你才能够做到无法做到的事情。
不过呢，墨菲斯也让尼奥在虚拟场景训练当中意识到了一件很重要的事情
虽然你的身体不在矩阵当中，可是如果你在矩阵里面被杀死，那么也会死亡。
“你的意识会让受伤变成真的，而且没了意识，没有人能活下来。”
墨菲斯一边训练尼奥，一边给他讲解矩阵的知识
在矩阵当中，特工相当于计算机里面的检测软件，他们会监控整个矩阵当中的人类活动，一旦发现异常就会消灭掉他们。
而特工们还有一个很重要的特点，那就是他们可以模拟在这个世界当中的任何一个人类，任何一个被矩阵控制的人类，下一秒钟都有可能变成特工。
也就是说，特工们无处不在，这一点是非常需要小心的，一不注意下一秒的路人就有可能成为杀掉自己的可怕特工。
不过特工们虽然拥有着强大的力量，超凡的速度和反应能力，不过他们身处于矩阵当中也是会受到限制，只能达到一定的上限。
可是墨菲斯相信，如果尼奥就是传说中的救世主，他可以通过改变意识来突破矩阵的限制，也就是说他完全可以变得比特工们更快更有力量，甚至可以拥有躲避子弹和拦截子弹的能力。
墨菲斯相信，尼奥是可以打败特工们，从而进入到他们所看守的那扇大门当中，进而摧毁母体，将人类完全解放出来。
“你想表达什么”尼奥问他，“难道我还能躲避子弹吗”
“不，”墨菲斯笑了笑，“当时机成熟的时候，你甚至都不需要躲。”
在此之后，墨菲斯带着尼奥去到虚拟世界当中拜访了先知。
先知是一个看起来非常普通的中年妇女形象，而在先知的家中，两个人展开了一段非常具有哲学意味的对话。
先知让尼奥要认识你自己
而且命运是掌握在自己的手上，不只是墨菲斯，还有尼奥你自己的命运
观众们都听得一愣一愣的。
可是，你根本就没有那么多的时间去思考他们对话的内容，也没有办法去细想这些对话背后的深意是什么。
就在墨菲斯他们重新返回矩阵的时候，队伍当中出现了叛徒，也就是电影当中一开始被特工们所提到的线人。
线人赛弗认为，与其在丑陋而痛苦的现实世界当中经历痛苦，还要跟机器人军队派来的乌贼们进行对抗，提心吊胆地生活在地下不见阳光的日子，还不如被他们给带回去浸泡在培养皿当中，然后在虚拟世界当中成为一个富有的商人享受生活。
哪怕这些东西都是虚拟的，牛排是虚拟的，财富是虚拟的，所有的荣华富贵都是虚拟的，不过大脑能够感受到，对于他来说就是真实。
他也很享受这样被虚拟出来的真实。
于是赛弗出卖了墨菲斯，导致他们在执行任务的时候被抓。